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一、簡(jiǎn)化遺傳分析。染色體組的完整補(bǔ)充（包括隱性性狀），在表型水平上表達(dá)，含有致死突變的植株，基因缺失被消除了。由于只有一組染色體，故沒(méi)有顯性性狀掩蓋隱性性狀的問(wèn)題，可以直接從其表型判斷其基因型。因此單倍體是研究基因的良好材料。單倍體最著名的應(yīng)用就是在代混雜系統(tǒng)中產(chǎn)生簡(jiǎn)單質(zhì)量或數(shù)量性狀表型篩選的純合二倍體。此外，單倍體經(jīng)誘變發(fā)生基因突變時(shí)，會(huì)隨之在植株性狀上表現(xiàn)出來(lái)，有利于篩選隱性突變。

二、縮短育種年限。雜合體自交后代的遺傳性狀會(huì)發(fā)生分離，要獲得穩(wěn)定遺傳的后代，往往需要進(jìn)行連續(xù)多代的自交。而應(yīng)用單倍體育種技術(shù)，純合二倍體只需要一個(gè)世代經(jīng)單倍體的染色體加倍就能得到。即將從雜合體分離的配子體進(jìn)行培養(yǎng)得到單倍體植株，再經(jīng)染色體加倍就可獲得遺傳性穩(wěn)定的純合二倍體，只需要兩年左右的時(shí)間，大大地縮短了育種年限。雙單倍體的方法在培養(yǎng)新品種的時(shí)間上比常規(guī)育種方法減少了2-4年。這項(xiàng)技術(shù)正在被應(yīng)用到作物改良工程，并輔助進(jìn)行改良品種的發(fā)展。

三、提高選擇效率。四、克服遠(yuǎn)緣雜種的不育性。五、經(jīng)單倍體加倍而成雙單倍體可作為AFLP、RAPD、SSR等分子標(biāo)記和遺傳圖譜繪制研究的理想材料。